凤凰县自古以来一直是苗族和土家族的聚居地区。明始设五寨长官司，清置凤凰厅，以境内的凤凰山而得名。1913年改为凤凰县。2001年获中华人民共和国国务院特批，成为中国第101座历史文化名城。
春秋战国时期，凤凰为“五溪苗蛮之地”，凤凰属楚国疆域。据本县出土的文物考证，当时中原文化已影响到这里。秦一统天下，分天下为36郡，凤凰当时属黔中郡。
湖南凤凰
汉朝高祖五年，更黔中郡为武陵郡。所以凤凰在西汉、东汉、时期为辰阳县地，属武陵郡。
三国时期，凤凰先属辰阳县、武陵郡，归蜀后刘备战败，吴占其地，凤凰仍属武陵郡。
西晋时凤凰归镡城县地，属武陵郡东晋时为舞阳县地，也属武陵郡。
南北朝时期，凤凰一直属武陵郡。
隋朝一统江山，改辰阳县为辰溪县。凤凰当时属辰溪县，隶属沅陵郡地。
唐朝初为锦州地，唐高祖武德三年，置麻阳县，凤凰又属麻阳县。唐武后垂拱三年，凤凰从麻阳县分出，次年设渭阳县，县址设黄丝桥，即今黄丝桥古城。古渭阳县，属锦州卢阳郡。
宋朝太宗太平兴国七年，改渭阳县为招谕县。宋神宗熙宁八年，废招谕县，复置麻阳县，渭阳又划归麻阳县。
元朝设五寨司，属思州安抚司。这是土司政权时期，由本县少数民族的统治人物执政，五寨司设在今凤凰县城。
明朝承元制，设五寨长官司和竿子坪长官司，都属保靖宣慰司管辖。明永乐三年，置竿子坪长官司，仍属保靖宣慰司管辖。明隆庆三年，在凤凰山设凤凰营。
湖南凤凰
清朝顺治三年，清朝为了镇压苗民，采取了一系列军事和政治的的的措施，在五寨司设镇竿协副将。清康熙三年，为辰沅永靖道治。康熙三十九年，又将沅州镇总兵官移驻五寨司城，将镇竿副将换防驻沅州。
康熙四十三年，苗人向化，裁去土司，置凤凰营于今县城，在凤凰山的原凤凰营地设置通判。通判本应管理地方行政，但当时土司大权在握，形成土流并存的局面。雍正七年，设辰沅永靖兵备道。乾隆元年，改沅州为府属兵备，十六年改凤凰营为凤凰厅，通判升为同知。嘉庆二年，凤凰厅升为直隶厅，属湖南布政使司。
辛亥革命后，推翻清王朝，1912年元旦，凤凰光复。
民国二年9月，废凤凰厅，改建为凤凰县，仍为湘西军政统治中心。
1949年凤凰县解放，初属沅陵专区，1955年划归湘西苗族自治州，1957年改属湘西土家族苗族自治州直至如今。
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