以深圳地区为例。
区别一、缴费比例不同。医保一档缴费比例为8.2%，单位缴6.2%，个人缴2%，缴费基数为员工实际缴费工资(最低为4488元)，总交费368元医保二档缴费比例为0.8%，单位缴0.6%，个人缴纳0.2%，缴费基数为上年度在岗职工月平均工资(现为7480)，总交费59.8元
区别二、适用人群不同。医保一档：深户强制购买一档，非深户也可以购买一档，购买的一般的知名大公司上市公司等医保二挡：一般多为公司类型的单位缴纳的是二档医保，因为企业也要有效益。
区别三、就医原则不同。一档参保人：市内任一定点医疗机构就医二档参保人门诊在绑定社康中心就医，住院在市内任一定点医疗机构就医，门诊大病在规定医疗机构就医。
区别三、住院报销不同。一档：住院报90%，需在定点医院办理住院二档：住院报90%，需在定点医院办理住院
区别四、门诊报销不同。一档：连续参保12个月，年度自费超过￥3131可以报销70%社康看门诊报30%大型设备检查报80%二档：每年有1000元门诊费用，需绑定社康医院，门诊大型设备检查和治疗单次最高不超过120。
区别五、参保时间要求不同。一档参保人连续参保满一年，在同一个医保年度内自付的门诊基本医疗费用和地补医疗费用超市在岗职工平均工资5%的，超过部分由统筹基金按规定支付70%(年满70周岁以上支付80%)。而二档参保人没有具体时间要求。
参考资料来源：
中国日报网-深圳医保一档二档三档的区别 不了解这些就亏大了
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